אלרגיה היא מצב שבו מערכת החיסון שלנו "מתבלבלת" ומפעילה את מנגנוני ההגנה שלה נגד גורמים שאינם מהווים שום סכנה בריאותית כשלעצמם. 

באופן תקין, המערכת החיסונית שלנו מייצרת נוגדנים כדי להגן עלינו מפני פתוגנים. נוגדנים אלו מתפקדים כשליחים כימיים המתריעים בפני תאי מערכת החיסון על קיומו של גורם זר- וירוס, חיידק או מיקרואורגניזמים שונים אחרים- שגופנו צריך להתגונן מפניו. עם הזמן, מערכת החיסון מפתחת "זיכרון חיסוני" כך שפעם הבאה שנחשף לאותו פתוגן התגובה החיסונית שלנו תהיה מהירה ויעילה יותר(זהו גם המנגנון שבאמצעותו עובדים חיסונים).

אצל הסובלים מאלרגיות הזיכרון החיסוני מופעל בתגובה לחשיפה לחומרים (חלבוניים) "תמימים", שאינם מחוללי מחלות. הנוגדנים המעורבים בתגובה האלרגית הנקראים נוגדני IgE, הם ספציפיים עבור כל אלרגן. לכן אפשר להיות אלרגי לדברים מסוימים, אך לא לדברים אחרים. כמו כן, אלרגיה יכולה להתפתח בכל גיל. 

כשזה נוגע לאלרגיות קיים בלבול רווח בין גורמים לטריגרים. בקדחת השחת הטריגר לשפעול יתר של מערכת החיסון הוא על פי רוב אבקנים של צמחים מואבקי רוח, למשל עצי זית ואורן, המשילים את אבקניהם בכמויות גדולות בתחילת האביב (סוף פברואר-ראשית מרץ). 

הגורם לתגובת היתר החיסונית, עם זאת, אינו ידוע. יש הסוברים כי העדר חשיפה לחומרים שונים והסביבה הסטרילית יחסית שבה אנו חיים כיום הוא הגורם להתפתחות אלרגיות, בעוד אחרים סבורים כי הסיבה נעוצה בתזונה המודרנית. בכל אופן, מחקרים הראו קשר ברור בין התפרצויות אלרגיות למצבים נפשיים כמו דיכאון וחרדה.